RMarkdown

[R 마크다운 소개] R Markdown 소개 및 환경설정 2019.10.04
[R Markdown] Customized Report (DataCamp) 2019.05.04

[R 마크다운 소개] R Markdown 소개 및 환경설정

2019. 10. 4. 23:33

~~Edit~~

R Markdown 소개 및 환경설정

R Markdown Markdown Manual R Markdown

데이터 분석가의 주요 업무 중의 하나는 향후에 참고자료로 활용하기 위해 작업 결과물을 문서화 해야 하는데, 상당량의 보고서를 작성해서 분석과정과 출력 결과를 기술해야만 합니다.

보통의 과정은 아래과 같을 것입니다.

1단계: 본인의 작업을 위해서 R 스크립트 작성
2단계: 다양한 그래프가 첨부된 분석 결과를 Word, PPT 분석 결과를 기술해서 동료 또는 메신저로 분석 결과 전송
3단계: 분석결과 토의
4단계: 각각의 그래프 결과 코드를 매칭 하기 위한 작업이 토의 중 발생
5단계: 혼란 및 불필요한 시간 소요 발생

그런데, 해당 작업물을 그 때 마다 웹페이지(HTML)를 생성하여 자체 서버 내 구축할 수 있다면, 그러면 위 5단계의 과정을 3단계(소스코드 작성 → 웹 게시 → 분석결과 토의)로 축소할 수가 있을 것이며 특히, 연구자가 분석 당시의 고민과 문제점들을 스크롤링과 함께 같이 고민할 수 있는 시간으로 빠져들 수 있도록 유도할 수 있습니다.

데이터 분석 보고서는 보고서의 작성이 연구자의 끝이 아니기 때문에 분석의 과정과 결과물을 잘 정리하여 의사결정을 하는데 반드시 도움이 되어야 하는 일종의 마지막 제안서와 같습니다.

본 게시물은 R을 처음 접하는 데이터 분석가를 위해서 작성하였습니다. 사내의 보고서 문화 혁신에 기여하기를 바라는 마음과 함께!!

Step 1. R 마크다운 파일 생성

R 마크다운 파일 생성은 아래와 같이 생성할 수 있습니다.
RStudio에서 File → New File → R Markdown을 클릭하시면 아래와 같이 대화 상자가 열립니다.

Title과 Author를 설정 한 후 HTML로 클릭합니다.

Step 2. R 마크다운 기본 구성요소

기본 구조는 아래와 같이 확인 될 것입니다.

구성 1. Header

초기 설정된 텍스트 덩어리에 R에 대한 지시사항이 담겨있다: 제목, 저자명, 날짜, html 출력물(다른 말로, 웹페이지)을 생성할지가 포함됩니다.

---

title: "Initial R Markdown document"

author: "Evan Jung"

date: "10/4/2019"

output: html_document

---

위 필드는 임의 삭제가 가능하나, 경험적으로는 포함시키는 것이 좋습니다.

구성 2. R 코드 덩어리 - Set Up

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

위 구성은 R 마크다운 문서의 기본 Set Up 코드이기 때문에 유지하는 것을 원칙으로 합니다. 위 코드 상 옵션에 대한 설명은 아래와 같습니다.

setup: 소스코드 덩어리에 대한 title이며, 다른 소스코드 덩어리와 중복 작성 시, 에러가 발생합니다.
include=FALSE: 문서에는 포함시키지 않고, 몰래 실행할 수 있으며, 주로 최초 설정에 이용됩니다.
knitr::opts_chunk$set에서 디폴트 옵션을 설정할 수 있으며, echo = TRUE는 코드를 보여줍니다. 그 외 옵션은 아래를 확인하여 주시기를 바랍니다.1
- eval = F: 코드 실행하지 않는다.
- echo = F: 코드를 보여주지 않는다.
- include=F: 실행 결과를 보여주지 않는다.
- message=F: 실행 때 나오는 메시지를 보여주지 않는다.
- warning=F: 실행 때 나오는 경고를 보여주지 않는다.
- error=T: 에러가 있어도 실행하고 에러코드를 보여준다.
- fig.height=(number): R에서 작성한 그래프를 그림의 높이를 조정할 수 있다.
- fig.width=(number): R에서 작성한 그림의 넓이를 높이를 조정할 수 있다.
- fig.align=’center’ : R에서 작성한 그림의 위치를 변경할 수 있다.

그 외 옵션을 확인하려면 아래와 같이 코드를 입력 후 실행하면 결과값이 나옵니다.

knitr::opts_chunk$get()

구성 3. R 코드 덩어리 - 작업 코드 예제

```{r}
summary(cars)
```

knitr로 실행되면, R 코드 덩어리를 실행결과와 함께 나타납니다.

Step 3. 마크다운(Markdown)문법에 대한 이해

마크다운은 2004년 12월에 처음 등장한 것으로 보입니다.2 마크다운을 활용하여 작성된 문서는 보다 쉽고 빠르게 HTML 등 다른 문서 형태로 변환이 가능합니다. 특별히, R Markdown은 R 사용자를 위한 Markdown으로 이해하시면 좋습니다.

기본 문법 1. Bold & Italic

별표*를 활용하여 굵게 또는 이탤릭체로 변환할 수 있습니다.

굵게: **굵게(bold)**
이탤릭: *이탤릭(italic)*

기본문법 2. 구분점

아래와 같이 하이픈- 혹은 별표*를 적용해서 구분점이 붙은 항목을 생성할 수 있습니다.

* 위 그래프는 ~
* 위 표는 ~
* 따라서, ~

혹은 아래와 같이 작성도 가능합니다.

- 위 그래프는 ~
- 위 표는 ~
- 따라서, ~

코드 실행 시, 다음과 같이 웹페이지로 보이게 됩니다.

위 그래프는 ~
위 표는 ~
따라서, ~

숫자 사용을 활용한 구분점도 아래와 같이 적용하면 가능합니다.

1. 위 그래프는 ~
2. 위 표는 ~
3. 따라서, ~

코드 실행 시, 다음과 같이 웹페이지로 보여지게 됩니다.

위 그래프는 ~
위 표는 ~
따라서, ~

기본 문법 3. 섹션 제목 만들기

섹션 제목을 만들려면 # 기호를 활용하여 각 라인 첫 번째 적용하게 되면 다른 크기를 갖는 섹션 제목을 만들 수 있을 뿐만 아니라, 위 섹션이 목차로 재 활용될 수 있습니다.

# 첫번째 제목 (Title)

## 두번째 제목 (Main Section)

### 세번째 제목 (Sub-Section)

#### 네번째 제목 (Sub-sub section)

첫번째 제목 (Title)

두 번째 제목 (Main Section)

세 번째 제목 (Sub-Section)

네 번째 제목 (Sub-sub Section)

Step 4. 마크다운(Markdown) 다양한 기능 사용

기능 1. 하이퍼링크

독립적으로 링크 코드를 입력하거나, 또는 문장 중간에 삽입이 가능합니다. 아래와 같은 방법으로 입력하시면 됩니다.

문법: [text](링크)
예시: [네이버](https://www.naver.com)

네이버 클릭하시면(→) 네이버 네이버 메인 화면에 연결됩니다.

기능 2. 이미지 삽입

아래와 같은 방법으로 이미지를 삽입할 수 있습니다.

문법: ![caption](경로)
예시: ![타펀](./Ta-fun.png)

다만, image size 작업 조정을 직접 하려면 R 코드 덩어리에 아래와 같은 방법으로 작업할 수도 있습니다. (예: out.width=”400px”, out.height=”400px”)

```{r, out.width = "400px"}
knitr::include_graphics("path/to/image.png")
```

다만, 경험적으로 봤을 때는 개별 이미지를 수정하려면 HTML 소스 코드 또는 소스코드를 직접 입력하는 것을 권장합니다.

test.Rmd

---

title: "Initial R Markdown document"

author: "Evan Jung"

date: "10/4/2019"

output: html_document

css: test.css

---

## Page with an image {#myImagePage}

![Image](path/to/image)

test.css

#myImagePage img {
width: 400px;
height: 200px;
}

기능 3. LaTeX expression

수식 작성법은 Latex라는 문법을 참조해서 작성할 수 있습니다.

$$ x = \dfrac{-b \pm \sqrt{b^2 - 4ac}}{2a} $

기능 4. 인라인(Inline) R 코드

인라인 R코드를 활용하는 가장 궁극적인 목적은 보고서의 모든 숫자를 재현 가능하게 만들기 위해서입니다. 인라인 코드를 작성할 때 `r와 `을 사용합니다. 예를 들어, `r 2+2` 또는 `r round(some_value, 2)` . R 코드가 실행되어 코드가 결과 값으로 치환됩니다.

Step 5. 다른 언어와의 호환성 (고급)

R과 함께 파이썬 또는 SQL을 다루는 머신러닝 개발자가 있다고 가정합니다. 그러면 R Markdown 안에서도 python 코드를 실행 후 작업할 수가 있습니다. 다만, 이때에는 코드 덩어리를 파이썬 또는 sql로 명명해야 적용이 가능합니다.

예를 들면 아래와 같이 작성이 가능합니다.

```{r}
summary(cars)
```
위 데이터의 결과값은 ~

```{python}
@requires_authorization
def somefunc(param1='', param2=0):
    '''A docstring'''
    if param1 > param2: # interesting
        print 'Greater'
    return (param2 - param1 + 1) or None
class SomeClass:
    pass
>>> message = '''interpreter
... prompt'''
```

(Option) 더 공부하기

위에서 제공한 자료를 가지고도 충분히 보고서를 작성하는 데는 부족함이 없습니다. 다만, 보고서를 조금 더 풍성하게 만들고자 한다면 매뉴얼을 참고해서 보다 전문적으로 작성하는 권장 합니다.

FAQ

Email: j2hoon85@gmail.com

“R Markdown 기초”, “Zarathu Official Blog”, 2019년 1월 3일 수정, 2019년 10월 4일 접속, https://blog.zarathu.com/posts/2019-01-03-rmarkdown/ ↩
“Markdown”, “Daring Fireball”, 2004년 12월 17일 수정, 2019년 10월 4일 접속, https://daringfireball.net/projects/markdown/ ↩

저작자표시 (새창열림)

'R > [R] 잡동사니' 카테고리의 다른 글

Jupyter Notebook + R 연동하기 (1)	2019.01.24

[R Markdown] Customized Report (DataCamp)

2019. 5. 4. 18:13

Lectures

Change the overall appearance of your report

In the YAML header, more than just the title and output format can be specified. You can also customize things such as syntax highlighting or the overall appearance by specifying a custom theme.

output: 
  html_document:
    theme: cosmo
    highlight: monochrome

Add a table of contents

Another cool feature of RMarkdown reports (whether HTML or PDF) is an automatically generated table of contents (TOC). And with several settings, you can customize your TOC quite a bit: You add a table with toc: true and specify whether it should be floating (= whether it moves along as you scroll) with toc_float. The depth of your TOC is set with toc_depth.

output: 
  html_document:
    theme: cosmo
    highlight: monochrome
    toc: true
    toc_float: false
    toc_depth: 4

More YAML hacks

There are many more customizations for RMarkdown reports, and most of
them can be configured via the YAML header. Before you dig deeper into custom stylesheets, let’s enable code folding with code_folding: …. This will allow your readers to completely hide all code chunks or show them.

output: 
  html_document:
    theme: cosmo
    highlight: monochrome
    toc: true
    toc_float: false
    toc_depth: 4
    number_sections: true
    code_folding: hide

Change style attributes of text elements

With CSS, it’s easy to change the appearance of text in your report. In this exercise, you’re going to change the font to a font with serifs, in accordance with the style of your plots. You’re also going to try out a few other CSS selectors in order to change some colors and font sizes in your report. For example, the font of the R code elements is currently a little on the larger side, compared to the surrounding prose. You’ll use CSS to reduce their size. Here, all of your CSS should go inside the <style> tags above the Summary. In the next exercise, you’ll learn how to reference an external CSS file using the YAML header. If you need more help regarding the styling of text, you can refer to the Mozilla Developer reference.

<style>
body, h1, h2, h3, h4 {
    font-family: "Bookman", serif;
}

body {
    color: #333333;
}
a, a:hover {
    color: red;
}
pre {
    font-size: 10px;
}
</style>

Reference the style sheet

See the new pane in the exercise interface called styles.css? As mentioned in the previous exercise, you can reference an external CSS file in the YAML header of your RMarkdown document like so:

title: "Test"
output:
  html_document:
    css: styles.css

Your CSS from before is now contained in styles.css. It’s time to reference styles.css in your YAML header so that the CSS rules are applied to your report.

Beautify a table with kable

You’ve just heard it: There are two ways to beautify a table with thekable package: either directly in code chunks by calling theknitr::kable() function or in the YAML header. Here you will try out the former. my_data_frame %>% knitr::kable()

Example

http://rpubs.com/Evan_Jung/Customized_Report

'R > [R] Data Visualization' 카테고리의 다른 글

[R] Interactive Data Visualisation using leaflet (2) (0)	2019.03.03
[R] Interactive Data Visualisation using leaflet (1) (0)	2019.03.02
How to draw graph for two numeric variables in R (0)	2019.01.17
[R] Beginner Graph for Communication - Label (0)	2019.01.03

PREV 1 NEXT

cozyDS

RMarkdown

[R 마크다운 소개] R Markdown 소개 및 환경설정

R Markdown 소개 및 환경설정

Step 1. R 마크다운 파일 생성

Step 2. R 마크다운 기본 구성요소

구성 1. Header

구성 2. R 코드 덩어리 - Set Up

구성 3. R 코드 덩어리 - 작업 코드 예제

Step 3. 마크다운(Markdown)문법에 대한 이해

기본 문법 1. Bold & Italic

기본문법 2. 구분점

기본 문법 3. 섹션 제목 만들기

첫번째 제목 (Title)

두 번째 제목 (Main Section)

세 번째 제목 (Sub-Section)

네 번째 제목 (Sub-sub Section)

Step 4. 마크다운(Markdown) 다양한 기능 사용

기능 1. 하이퍼링크

기능 2. 이미지 삽입

기능 3. LaTeX expression

기능 4. 인라인(Inline) R 코드

Step 5. 다른 언어와의 호환성 (고급)

(Option) 더 공부하기

FAQ

'R > [R] 잡동사니' 카테고리의 다른 글

[R Markdown] Customized Report (DataCamp)

Lectures

Change the overall appearance of your report

Add a table of contents

More YAML hacks

Change style attributes of text elements

Reference the style sheet

Beautify a table with kable

Example

'R > [R] Data Visualization' 카테고리의 다른 글

+ Recent posts

티스토리툴바